Центр исследований и разработок ЕМС подписал соглашение о сотрудничестве с Академическим университетом Российской Академии наук, который возглавляет академик Жорес Алферов. Цель соглашения – объединить усилия по созданию легкой и удобной в использовании облачной платформы, применимой в клинической медицине для анализа геномных данных. Разработка поможет выявлять так называемые «гибридные гены», которые в большинстве случаев являются причинами возникновения злокачественных опухолей. Помимо прочих задач, их обнаружение поможет значительно упростить диагностику онкологических заболеваний.

В основе решения – разрабатываемые специалистами лаборатории Алгоритмической биологии АУ РАН программные продукты SPAdes и QUAST. SPAdes – это геномный ассемблер, созданный под руководством Павла Певзнера, одного из ведущих мировых ученых, занимающихся проблемами биоинформатики и вычислительной биологии. rnaSPAdes собирает воедино разрозненные данные, полученные после успешных РНК-секвенирований, произведенных на наиболее популярных сегодня платформах Illumina и IonTorrent. Качество транскриптомных сборок, создаваемых rnaSPAdes, должно быть сравнимо с результатами, получаемыми из наиболее продвинутых РНК-сборщиков. Ожидается, что rnaSPAdes будет управляться через командную строку, а значит как сама программа, так и проводимый ею полный процесс обработки будут удобны для практического применения.

QUAST («Кваст») – это программный инструмент, с помощью которого будет производиться оценка качества создаваемых ассемблерами транскриптомных сборок и их сравнение. При этом QUAST сможет работать как при наличии референсного генома (уже известного генома, близкого к анализируемому), так и без него. Планируется, что данные оценки можно будет представить в виде наглядных таблиц с характеристиками каждой сборки, а также графически отобразить их сравнение.

Участие в проекте центра исследований и разработок EMC фокусируются на подготовке облачной инфраструктуры для хранения генетических данных и выполнении биоинформатических вычислений для их правильного и качественного анализа.

Соглашение между организациями вступает в силу 1 июля.  Руководить проектом со стороны Академического университета будет Алла Лапидус, заместитель директора Лаборатории Алгоритмической Биологии Академического Университета РАН.