1024 цепочки РНК - думающая часть компьютера. Структура его памяти весьма совершенна, поскольку в молекулах ДНК и РНК хранится вся генетическая информация, необходимая для зарождения и жизни организма. Память обычного компьютерного чипа обладает гораздо меньшей емкостью по отношению к единице пространства. Кроме того биомолекулярный компьютер может одновременно совершать миллионы вычислительных операций за счет параллельной работы множества генетических фрагментов. Поэтому его можно назвать чемпионом параллельных вычислений.

Суть вычислительного процесса, состоит в том, что элементы, составляющие структуру ДНК и РНК, можно представить в виде последовательности нулей и единиц. Вычисление совершается посредством "вырезания" молекул, имеющих последовательности, далекие от решения и сохранения молекул с последовательностями, близкими к решению. Функции "молекулярных ножниц" выполняют специальные ферменты. Выходную информацию можно получить подобно считыванию ее с перфорированной ленты.