Причиной сложных отношений, как полагают, является обострившаяся конкуренция на рынке высокопроизводительных серверов, однако, трения сказались главным образом в области программного обеспечения. Если в 1996 году Sun и IBM пытались ослабить монополию Microsoft совместными работами над Java OS, то теперь IBM делает ставку на развитие Linux. IBM отказалась лицензировать у Sun технологию Java 2 и пытается сейчас внести свои собственные изменения в Java.