От покупателей "коллекционного" издания игры - Halo 3 Collector's Edition начали поступать жалобы, что зажимы, которыми должны удерживаться на месте диски в футляре, не выполняют своей функции, из-за чего диски при транспортировке там свободно "болтаются" и получают небольшие царапины. Игра после этого, правда, все равно работает нормально - царапины наносят коллекционному изданию лишь эстетический урон. В результате в Microsoft вынуждены были пообещать бесплатно заменить все диски, на которых покупатели обнаружили царапины. Еще одна накладка произошла, когда после выхода Halo 3 вдруг стал давать сбои онлайн-сервис Xbox Live, с помощью которого владельцы Xbox 360 могут играть в многопользовательском режиме. Он начал работать медленно и выдавать ошибки. Предположительно, это было вызвано тем, что с выходом Halo 3 в новую игру одновременно стало играть слишком много народу.