Enterprise Edition представляет собой третий продукт в составе линейки для настольных компьютеров и ориентирован на средние и крупные компании. Продукт предлагает средства управления корпоративного класса, например, функции централизованного управления Trend Micro Control Manager, которые позволяют легко осуществлять развертывание и администрирование в рамках всего предприятия. Продукт способен автоматически обнаруживать клиентские компьютеры и передавать на них программные агенты, не требуя при этом никакого вмешательства со стороны конечного пользователя. Кроме того, Trend Micro Anti-Spyware Enterprise Edition совместим со всеми основными корпоративными продуктами в сфере защиты настольных ПК.