Hibernate 3.2 поддерживает API постоянства объектов Java Persistence, появившийся в Java Enterprise Edition 5. Hibernate можно применять в качестве переносимого механизма обеспечения постоянства с любым сервером Java EE 5. Hibernate 3.2 предлагается в виде нескольких модулей, которые можно использовать в различных сочетаниях. Главный из них, Hibernate Core, представляет собой высокопроизводительный сервис автоматической генерации запросов к СУБД, избавляющий код объектно-реляционного отображения от строк SQL и процедур обработки результатов, возвращаемых JDBC. Модуль Hibernate Annotations обеспечивает аннотацию объектов с помощью стандартных вызовов API Java Persistence и EJB 3.0, а также расширенных, реализованных в самом Hibernate. Hibernate EntityManager обеспечивает поддержку API Java Persistence, языка запросов Java Persistence Query Language и механизма правил для жизненного цикла объектов. Инструментарий предлагается по лицензии GNU Lesser General Public License.