В новой версии Microsoft полностью открыла код Windows Embedded для разработчиков - он включен в комплект поставки. Ранее для них было доступно лишь 56% кодовой базы. Вместе с CE 6.0 также поставляется среда разработки Visual Studio 2005 Professional со специальным подключаемым модулем для создания встраиваемых приложений Platform Builder. Усовершенствовано ядро ОС. В новой версии оно поддерживает параллельное исполнение до 32 тыс. процессов с предоставлением каждому виртуального адресного пространства памяти размером 2 Гбайт. Появилась встроенная поддержка передачи данных и выполнения голосовых вызовов устройствами по сетям сотовой связи. В CE также реализована технология беспроводной связи, позволяющая устройствам обмениваться данными друг с другом.