Ранее в Xen в качестве гостевых операционных систем поддерживались только Linux и NetBSD. Поддержка Windows обеспечена в коммерческом программном продукте XenEnterprise, предлагаемом компаниям среднего звена в качестве простой в использовании и менее дорогой альтернативы VMware. Сейчас механизм поддержки Windows в XenEnterprise проходит бета-тестирование, а его финальная версия для Windows 2003 и XP будет готова декабре. Кроме того, в I квартале 2007 года будет обеспечена поддержка Windows 2000. В состав XenEnterprise for Windows войдут инсталляторы Xen и гостевых ОС, средства миграции физических систем на виртуальные машины и комплект средств администрирования. Виртуальные машины с Windows можно запускать и под управлением бесплатной версии Xen, однако в XenEnteprise они будут рабоатть быстрее благодаря специальным драйверам, не распространяемым XenSource в открытых кодах.