С 07 мая 2010 года он приступил к исполнению должностных обязанностей.

Прохоров пришел в ФГУП «Космическая связь» в июле 2008 года в качестве первого заместителя генерального директора, а с 12 июня 2009 года он исполнял обязанности генерального директора предприятия. Юрий Прохоров руководил работами по созданию и эксплуатации современных телекоммуникационных систем в интересах космической отрасли, а также по созданию бортовых ретрансляторов малых космических аппаратов связи разработки ФГУП «ГКНПЦ им. М.В.Хруничева». Также он руководил внедрением GALS-технологий в системах управления и возглавлял работы по созданию и эксплуатации российского сегмента системы глобальной персональной подвижной спутниковой связи «Иридиум».