TokuDB можно применять вместо используемого в MySQL по умолчанию механизма InnoDB. TokuDB также работает с MariaDB — ответвлением MySQL, распространяемым по лицензии GPL.

В TokuDB 5.0 появились еще две новые особенности: возможность добавления и удаления столбцов без остановки системы и «горячая» индексация. Последняя позволяет создавать целевые запросы и изменять модель данных без отключения СУБД.

В TokuDB используется индексация с помощью фрактального дерева, ускоряющая добавление ключей в индекс. Фрактальный индекс группирует данные перед записью в базу, уменьшая время, которое требуется контроллеру накопителя на поиск индивидуальных вхождений. Фрактальные деревья также лишены проблем с фрагментацией, свойственных B-деревьям.

Переход на TokuDB не требует внесения изменений в приложения. Механизм отвечает требованиям ACID (атомарность, согласованность, изолированность, долговечность) и обеспечивает управление конкурентным доступом с помощью многоверсионности.