Специализацией «IT-лицея», как заявлено на его официальном сайте, является синтез высоких технологий и глубокого изучения естественнонаучного комплекса предметов. В соответствии со специализацией он осуществляет прием на конкурсной основе школьников, проявивших повышенные способности и склонности к изучению физико-математических и естественнонаучных дисциплин. Однако после завершения отбора на заседании конкурсной комиссии по отбору учащихся было рекомендовано сделать «IT-лицей» образовательным учреждением исключительно для юношей.

В результате, 30 девушек, которые прошли все три этапа отбора и набрали от 96 до 137,7 баллов, не были приняты в лицей. Вместо них зачислили учащихся мужского пола, которые набрали менее 90 баллов. Родители девушек обратились в прокуратуру с жалобой о нарушениях прав учащихся по половому признаку.

Поскольку действиями должностных лиц лицея была нарушена ст. 55 Конституции РФ и закон Российской Федерации «Об образовании», который не устанавливает ограничений к получению среднего общего образования по половому признаку, прокуратура потребовала от руководства «IT-лицея» устранить нарушения законодательства об образовании и восстановить нарушенные права абитуриенток.