Адвокаты утверждали, что в 2010 году власти, ссылаясь на идущее расследование, потребовали не удалять с сайта файлы, нарушающие авторские права, а затем обвинили Megaupload в хранении этих самых файлов. Однако представители минюста утверждают, что ни в ордере на обыск, на который ссылаются адвокаты, ни в любых других указаниях властей в адрес Megaupload не было требований о хранении файлов.

Ордер на обыск серверов хостинговой компании Carpathia Hosting, на которых размещался сайт Megaupload, был выдан в июне 2010 года. Власти требовали от Carpathia и Megaupload оказывать содействие в расследовании случаев нарушения авторских прав. Адвокаты заявляют, что нельзя, с одной стороны, требовать предотвратить уничтожение улик в виде файлов, якобы нарушающих авторские права, а с другой стороны, обвинять Megaupload в том, что эти файлы не были удалены.