Хотя этот способ загрузки защищает систему от вирусов и других нежелательных программ, одновременно он усложняет установку на компьютер других операционных систем, в том числе Linux. Некоторые считают, что требование к производителям компьютеров включать UEFI Secure Boot нарушает антимонопольное законодательство.

Еще 4 марта комиссар ЕС по конкуренции Хоакин Альмуния сообщил в ответ на запрос депутата Европарламента, что в комиссии знают о проблеме UEFI Secure Boot, но на данный момент не располагают свидетельствами того, что требования компании нарушают европейские законы. Насколько известно комиссии, производители компьютеров должны предоставлять пользователям возможность отключения UEFI Secure Boot.

В группе Hispalinux, однако, подчеркивают, что из-за действий Microsoft потребители теряют контроль над устройством. Без разрешения Microsoft никакая программа или операционная система, которой нужна система загрузки, не может получить доступ к компьютеру, и это ничем не оправдано, считают в Hispalinux.