В общей сложности в пакет MySQL Workbench внесено более 200 модификаций с учетом пожеланий пользователей. Интерфейс переработан в современном стиле, с домашним экраном и ссылками на часто используемые команды.
В пакет включен новый инструмент для работы со схемой базы данных. Он предоставляет сведения обо всех объектах схемы и дает доступ к административным функциям — например, к функциям анализа и оптимизации таблиц.
Результаты запросов теперь можно демонстрировать в вертикальном режиме: в виде списков пар колонок и значений, что должно быть удобнее для работы с запросами, возвращающими результат из многих колонок, но немногих строк базы. Реализован генератор каскадных операторов удаления, что упрощает, в частности, задачу удаления строк, на которые ссылаются внешние ключи. Имеется средство поиска текста, соответствующего образцу, в нескольких таблицах и схемах. Усовершенствовано также отображение информации о состоянии и конфигурации серверов.
К коммерческой версии MySQL Workbench добавлены графические интерфейсы для резервного копирования и аудита журналов MySQL.