Результаты проверки Счетной палатой Федеральной таможенной службы показали, что она в целом обеспечивает эффективность управления и распоряжения федеральным имуществом с учетом задач, возложенных на таможенные органы. Однако были отмечены и некоторые недостатки. В частности, ФТС не обеспечила внедрение и использование инновационных подходов и решений в программных средствах в деятельности таможенных органов.

Аудитор Сергей Штогрин в своем докладе отметил, что в период 2012-2013 годов ФТС внедрила в деятельность таможенных органов 34 программных продукта, общие расходы на их создание превысили 590 млн руб. Вместе с тем таможенные органы не внедрили в свою деятельность ряд продуктов из состава ИРС «Доход», связанных с учетом штрафов и задолженности участников внешнеэкономической деятельности, применением льгот. Также они не используют в практической деятельности программу АС «Витязь», которая предназначена для выявления и расследования преступлений. При этом на ее разработку израсходовано 2,5 млн долл. за счет средств займа между Россией и Международным банком реконструкции и развития. Кроме того, 61,5 млн руб. ушло на внедрение в единую автоматизированную информационную систему таможенных органов, включая поставку необходимого оборудования и неисключительных прав на использование программного обеспечения.