Если принцип нейтральности сети запрещает провайдерам отдавать предпочтение передаче данных некоторых клиентов, создавая для них специальные условия, или снижать скорость соединения клиентам, передающим слишком много данных, то принцип нейтральности приложений, полагает Чен, должен запрещать разработчикам приложений и владельцам сервисов дискриминировать пользователей, исходя из того, какую операционную систему они используют. Чен приводит в пример компанию Netflix, которая отказывается предоставить возможность просмотра видео владельцам устройств BlackBerry и Apple, которая не поддерживает сервис iMessage ни на устройствах BlackBerry, ни на смартфонах на базе Android.

Обозреватели подвергают предложения Чена резкой критике. Реализовать его идею практически невозможно, указывают они. Разработчиков пришлось бы заставлять создавать версии приложений для всех существующих операционных систем. Сеть перестает быть нейтральной, только когда провайдеры вводят новые правила. В разработке приложений ситуация противоположная.