Все сообщения в системе WhatsApp будут шифроваться автоматически, и расшифровывать их смогут только получатели, утверждают основатели компании. Ключи шифрования хранятся у пользователей, и прочитать сообщения не может никто, в том числе и администраторы WhatsApp. Более того, для всех сообщений используются разные ключи шифрования, и даже если один из них будет каким-то образом извлечен, то использовать его для расшифровки предыдущих сообщений будет невозможно. Сообщения, как и ключи шифрования, не сохраняются на серверах WhatsApp (даже в зашифрованном виде), и поэтому государственные службы не смогут потребовать их у компании даже по приказу суда. Впрочем, всегда остается возможность обнаружения в программах ошибок, позволяющих получить доступ к данным в обход защиты.

Шифрование в WhatsApp реализовано на основе протокола Signal, разработанного организацией Open Whisper Systems. Этот же протокол используется в одноименном приложении для обмена сообщениями, распространяющегося с открытым исходным кодом.