Лаборатория была создана в 2010 году в рамках гранта правительства РФ во исполнение постановления № 220 «О мерах по привлечению ведущих ученых в российские образовательные учреждения высшего профессионального образования».

Научным руководителем лаборатории стал Владимир Пентковский. В 2010 году, будучи сотрудником Intel, он совместно с учеными МФТИ представил на конкурс, объявленный в рамках постановления, свой проект, который в итоге вошел в число победителей и получил грант в размере 150 млн руб. Проект реализуется при участии сотрудников МФТИ, корпорации Intel и группы компаний РСК, российского разработчика и интегратора «полного цикла» суперкомпьютерных решений на базе жидкостного охлаждения.

Пентковский — весьма авторитетный в мировых научных кругах ученый в области разработки программно-аппаратных архитектур, один из создателей советских суперкомпьютеров «Эльбрус» и высокоуровневого языка программирования «Эль-76», заслуженный исследователь Intel, обладатель более 40 патентов, главный архитектор микропроцессора Pentium III. Представляя проект, он поделился современным опытом разработок сложных технических систем. По его словам, разработчикам суперкомпьютеров постоянно приходится одновременно решать две задачи: оптимизировать прикладное ПО и создавать методологии высокопроизводительного моделирования.

На настоящий момент создан кластер производительностью в 2,5 TFLOPS, построенный на базе архитектуры «РСК Торнадо», которая представляет собой оригинальное энергоэффективное суперкомпьютерное решение с жидкостным охлаждением для стандартных серверных плат на базе Intel Xeon. Каждый из его 16 узлов содержит два процессора Intel Xeon 5680 с тактовой частотой 3,33 ГГц и 36 Гбайт оперативной памяти. Емкость общей системы хранения данных — 3 Тбайт. Коммуникационная сеть построена на базе интерфейса Infiniband QDR.

Архитектура допускает как минимум вдвое более плотное размещение плат в стойках и отказ от использования атмосферного воздуха в качестве теплоносителя при охлаждении. В итоге показатель эффективности использования электроэнергии (Power Usage Effictiveness, PUE) стал менее 1,2.

Этот вычислитель сейчас используется для работы симулятора, позволяющего испытать модель кластера с производительностью 30 TFLOPS, до уровня которого будет модернизироваться существующий. Затем процедура повторится и будет достигнут показатель в 300 TFLOPS.

Результатами деятельности лаборатории МФТИ должны стать модель вычислителя, его архитектура, прикладное ПО и, наконец, новые образовательные курсы в дополнение к существующему учебному процессу.

Сейчас финансирование работы лаборатории осуществляется в рамках гранта, по окончании его действия необходимо обеспечить коммерческую эффективность проекта. Поэтому в качестве «целевых» направлений было выбрано несколько прикладных вычислительных задач, связанных с моделированием вирусов, клеточных мембран, а также взаимодействием белков и внешних полей с клеточными мембранами.