На базе комплекса "Протей" еще в 1999-2000 годах ЛОНИИС успешно реализовал ряд аппаратно-программных модулей с различными функциями. В частности, система обработки телефонных карт на базе "Протея" была внедрена на городских телефонных сетях Пензы, Улан-Удэ, Ульяновска, а также у московско-петербургского оператора связи WestCall. В полной комплектации "Протей-IP" состоит из шлюза с поддержкой протокола H.323, устройства управления IP-сетью и оборудования для "проброса" трактов ИКМ через сеть IP.