В новой версии системы усовершенствована интеграция с Microsoft Office и Microsoft Outlook, добавлен новый инструментарий интеграции на базе технологии .NET, усовершенствован модуль "Управление цепочками поставок", полностью реализованы требования 25 главы Налогового кодекса РФ. Усовершенствована также интеграция с другими приложениями, в частности, с Microsoft Office: теперь информация из Navision вместе с финансовыми и аналитическими отчетами может легко экспортироваться, анализироваться и обрабатываться в Microsoft Excel. В новой версии Navision доработан модуль "Управление отношениями с клиентами" (CRM), причем одним из основных его усовершенствований стала интеграция с Microsoft Outlook. Пользователи Navision получили возможность регистрировать входящие и исходящие электронные сообщения, создавать сообщения через Navision и Outlook и автоматически или вручную регистрировать их в Navision. Инструментарий Smart Tag Integration Toolkit, реализованный в Navision 3.60, базируется на программном интерфейсе Microsoft и технологии .NET и обеспечивает пользователю более простую и эффективную рабочую среду. Использование инструментария позволяет распознавать, например, имя или адрес клиента в Microsoft Office и добавлять дополнительную информацию непосредственно из Navision, увеличивая таким образом производительность и скорость копирования данных в Microsoft Office.