В большинстве случаев CRM-система приобретается для корпоративных нужд, а потребности служащих, партнеров и клиентов не учитываются. Основные причины проблем таковы: в большинстве предприятий жалуются на то, что конечные пользователи сохраняют возможность продолжать выполнять свои задачи, вообще не притрагиваясь к CRM-системе; с точки зрения конечного пользователя, передача его знаний системе делает его менее ценным для компании и позволит с легкостью заменить в будущем; еще одна причина - низкий уровень участия руководства в CRM-проектах; кроме того, многочисленные трудности возникают, если бизнес-процессы компании в принудительном порядке модифицируются при помощи программного обеспечения без предварительного вовлечения пользователей.