Причиной предложения стали многочисленные недоработки в системе и ее неготовность к запуску в автоматическом режиме. Недоработки касаются как ПО ("зависания", плохая русификация, отсутствие обучающих программ), так и аппаратной части (сбоят электронные сканеры штрих-кодов). Со своей стороны, ФНС распространила информационное письмо, в котором напомнила производителям алкогольной продукции, что, по закону, с 1 февраля производители спирта должны быть оснащены автоматическими средствами измерения - иначе действие их лицензий будет приостанавливаться. В министерстве финансов, впрочем, опасаются повторения летнего кризиса 2006 года, если запуск ЕГАИС в автоматическом режиме не будет отсрочен. По данным Росстата, в 2006 году производство спирта в стране сократилось на 29,5% по сравнению с 2005 годом, а производство водки и ликероводочной продукции - на 9,6%.