Приоритетными направлениями сотрудничества НАИРИТ и АКСИТ являются взаимодействие с государственными, региональными, законодательными, общественными институтами, а также венчурными фондами; проведение экспертизы инновационных проектов и проведение аналитических исследований и мониторинга сектора инноваций. Также в ходе переговоров между организациями достигнута договоренность о вхождении АКСИТ в НАИРИТ в качестве ассоциированного члена.