Среди других "подводных камней" отраслевые эксперты отмечают проблемы лицензирования ПО, безопасности и управления системами. Кроме того, возникают чисто организационные вопросы: в случае консолидации в организации приходится менять привычные схемы разделения ответственности за оборудование и ПО. Не все поставщики ПО пересматривают схемы лицензирования с учетом виртуализации, а некоторые даже не поддерживают свои программные продукты, если они функционируют в виртуальной среде. Очень важно наличие инструментов управления, включающих функции управления безопасностью для виртуальной среды.