В частности, в составе сервера имеется полноценнный инструментарий работы с данными радиометок RFID, а также поддержка протокола EDI, межбанковской сети SWIFT и процессы обеспечения соответствия акту HIPAA и стандартам организаций HL7 и RosettaNet. Появился также новый вариант поставки продукта - BizTalk Server 2006 R2 Branch Edition, рассчитанный на внутриорганизационные процессы цепочки поставок. Дополнительно корпорация выпустила для тестирования комплект адаптеров BizTalk Server Adapter Pack Beta 2, помогающий в интеграции бизнес-приложений SAP, Oracle и Siebel. Адаптеры работают с BizTalk Server 2006 R2, SQL Server 2005 и Microsoft Office SharePoint Server 2007. Выпуск финальной версии комплекта состоится в первой половине 2008 года.