Свое решение налоговая инспекция мотивировала наличием в капитале компании заемных денежных средств, а также использованием для оплаты поставщикам средств, полученных в результате дополнительной эмиссии акций. "Комкор-ТВ" обжаловал данное решение в Арбитражном суде г. Москвы, после чего городской Арбитраж частично удовлетворил требования компании. Тогда суд признал незаконным отказ ИФНС предоставить компании налоговый вычет по НДС в сумме около 18,1 млн. руб. по налоговой декларации за июль и август 2004 года. В отношении предоставления остальной части налоговых вычетов Арбитражный суд принял сторону налоговой инспекции. В дальнейшем компания продолжала последовательно отстаивать свою позицию в различных судебных инстанциях вплоть Высшего арбитражного суда, который принял окончательное решение в пользу компании.