Общая сумма претензий к компании по результатам деятельности за 2004-2006 годы составила 586,6 млн. руб., из них 465,4 млн. руб. приходится на налоги и 121,2 млн. рублей на штрафы и пени. Основная сумма претензий связана с вопросами межоператорских расчетов за присоединение и пропуск трафика в связи с вступлением в силу ФЗ "О связи". Руководство "Сибирьтелекома" не согласилось с предъявленными претензиями МИ ФНС и заявило, что будет отстаивать свою позицию в судебном порядке.