Среди технических недостатков MySQL глава компании SmugMug Дон Макэскилл, например, отмечает проблемы с производительностью, возникающие на многопроцессорных системах при использовании СУБД с механизмом InnoDB. По его словам, в Google и других организациях, пользующихся СУБД, разработали заплаты, устраняющие проблемы с производительностью, однако в MySQL эти заплаты по какой-то причине не добавляют к коду официальных выпусков. В самой MySQL сообщают, что теперь решением подобных вопросов должны заниматься в Sun, хотя сделка еще не совершена.

Как утверждает Джереми Коул, консультант по MySQL из компании Proven Scaling, у СУБД имеется немало и других проблем, в частностью, с механизмами тиражирования, ведения журнала операций и управления памятью. Вдобавок Коул критикует деятельность команды MySQL по сбыту и маркетингу и заявляет о "несостоятельности" применяемой в компании модели разработки версии MySQL Enterprise.

Глава Sun Джонатан Шварц в ходе недавней телеконференции, назвав покупку MySQL самым важным приобретением за всю историю Sun, заявил также, что главным сдерживающим фактором роста оборота MySQL являлась "неспособность руководства MySQL обеспечить душевный покой одной глобальной компании, в которой желают воспользоваться СУБД в своих критически важных системах".