В этой должности он будет выполнять функции советника высшего руководства компании и оказывать поддержку по прямому для себя профилю и основополагающему для любого производителя ПО направлению - программные разработки. В Microsoft он возглавлял службы разработки MS-DOS, OS/2, Cairo и Windows NT. В 2006 он был удостоен награды за 25-летнюю службу в компании и стал первым сотрудником, который достиг такого рубежа, после Билла Гейтса и Стива Баллмера. Марк Збиковски разработал формат исполняемых файлов, используемых в MS-DOS, и его инициалы "MZ" украшают заголовки файлов этого формата. Он является одним из главных архитекторов и разработчиков Windows NTFS, самой популярной файловой системы, а в свое время был одним из первых компьютерных хакеров.