Предыдущая версия BizTalk Server 2006 R2 вышла в сентябре 2007 года.

В BizTalk Server 2009 будет добавлена поддержка Windows Server 2008, Visual Studio 2008 SP1, SQL Server 2008 и .Net Framework 3.5 SP1. Выпуск включит в себя новый реестр Web-служб, новые бизнес-адаптеры, улучшенную интеграцию с хост-системами, расширенные возможности мониторинга деловой активности, улучшенную поддержку EDI- и AS2-протоколов для связи между корпоративными клиентами.

Для разработчиков будет реализована поддержка Microsoft Team Foundation Server, а также возможность совместной работы в интегрированной системе управления исходным кодом с отслеживанием ошибок и поддержкой Project Server.

В BizTalk Server 7, следующем за BizTalk Server 2009 выпуска, Microsoft планирует сфокусироваться на производительности и прозрачности для разработчиков. Так, например, ведется работа над созданием простого способа автоматизации установления соответствия между системами и протоколами для ускорения подключений. Также в BizTalk Server 7 будет реализовано управление ресурсами с поддержкой широкого спектра удаленных устройств, в том числе не оснащенных радиочастотными метками RFID.