Компания «Альт Линукс» сообщила, что диски «Линукс Мастер» и «Школьный сервер», разосланные по школам вместе с обновлениями комплекта стандартного базового программного обеспечения (СБППО), были модифицированы без ведома разработчиков и являются неработоспособными.

В 2007-2008 годах при участии «Альт Линукс» был разработан пакет свободного программного обеспечения для школ (ПСПО), который был внедрен в 1092 школe в трех пилотных регионах. Более 1300 школ из других регионов присоединилась к проекту по своей инициативе. Проект был признан успешным Минобрнауки и Минкомсвязи РФ. В мае 2009 года, несмотря на возражения «Альт Линукс», было принято решение о тиражировании и рассылке во все школы РФ комплекта ПСПО в составе обновлений комплекта СБППО без обеспечения поддержки, а также без печатных материалов, специально подготовленных для комплекта.
Как определила служба поддержки "Альт Линукс", исполнитель проекта СБППО, желая разместить на эталонных дисках дополнительные материалы, самостоятельно произвел доработки и сделал диски непригодными для установки системы.

По данным «Альт Линукс», сейчас поддержка школ, получивших в 2009 году ПСПО в комплекте с обновлениями СБППО, не оказывается. Соответствующий тендер еще не объявлен и исполнитель работ не определен. 2300 школам, принявшим участие в проекте 2008 года, «Альт Линукс» продолжает оказывать техническую поддержку за свой счет.

В компании считают рассылку непригодных дисков ударом по репутации "Альт Линукс", а также по всему проекту внедрения ПСПО. Но при этом в компании уверены, что возможность успешного выполнения проекта внедрения СПО в школы России в 2009 году, как это предусмотрено распоряжением Правительства ? 1447-р от 18 октября 2007 года, еще сохраняется.