Ее отличительная черта — повышенная защищенность за счет изоляции программ в виртуальных машинах с различными уровнями полномочий. Руководит компанией Йоанна Рутковска, известный специалист в области системной безопасности. После трех лет разработки Qubes OS 1.0 можно загрузить с официального сайта.

Приложения Qubes OS можно исполнять в различных «доменах безопасности», заданных пользователем и реализованных в виде малоресурсоемких виртуальных машин, каждая со своей политикой безопасности. Например, можно иметь отдельную копию браузера в личном и рабочем домене, а также в домене для онлайн-банкинга. Сам браузер не станет от этого менее уязвимым для эксплойтов, но атакующие будут ограничены в возможностях. Между доменами можно копировать файлы и текст, но такие операции требуют от пользователя подтверждения.

Основу Qubes составляют Linux, оконный менеджер X Window System и гипервизор Xen. ОС может исполнять большинство Linux-приложений, в будущем возможна поддержка виртуальных машин Windows — посредством коммерческого расширения.

Рутковска призывает специалистов по безопасности попытаться взломать Qubes OS.